1

Игор

2

Маја

3

Далибор

4

Марија

Одељење за клиничку бактериологију, микологију и паразитологију- Oдељење 130

На Одељењу клиничке бактериологије, микологије и паразитологије запослено је три истраживача у научном звању и један технички сарадник – лаборант. Одељење учествује у научно истрживачком раду и обавља стручно специјалистичке послове из области здравствене заштите домаћих животиња.

Одељење је акредитивало 6 метода:

1.Испитивање антимикробне осетљивости ENTEROBACTERIACEAE методом диск дифузије,

  1. Утврђивање узрочника салмонелозе Salmonella sp.

3.Утврђивање узрочника варозе пчела Varroa destructor

  1. Одређивање укупног броја живих аеробних микроорганизама у семену животња
  2. Бактериолошка испитивања фармацеутских производа – провера стерилности
  3. Микробиолошка ћистоћа лекова за које се не захтева да буду у складу са тестом на стерилост

Лабораторијска испитивања обављају се савременим фенотипским (бактериолошки – аеробна, анаеробна, микроаерофилна испиитвања, копролошки – седиментација и флотација, квантитавне метода по Столу и МекМастеру, миколошки – културелно, микроскопски) и молекуларним методама. Материјали који се испитују су пореклом од различитих врста животиња:

  •              живина
  •              говеда
  •              свиње
  •              кућни љубимци (пси и мачке)
  •              лаборатроијске и украцне животиње (миш, заморац, кунић, корњаче и др.)
  •              пчеле
  •              рибе

Узорци који се испитују пореклом су од угинулих или жртвованих животиња –  паренхиматозни органи (плућа, срце, јетра, слезина, бубрег), танка и дебела црева, јајни фоликул, јаја, фецес, назувци, сперма (разређена и нативна), простирка, пелене, брисеви слузокожа (ока, носа, уха, грла, препуцијума, урогениталног тракта, материце), коже и брисеви површина (радне пвршине, објекти за узгој животиња и транспсртних средстава), вода (из вододвода и вода за напајање животиња), пчеле и пчелиње саће.

Изолација и детерминација бакерија:

Streptococcus sp., Staphylococcus sp., Enterobacteriacae (Salmonella sp., Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus sp., Serratia marscences, Enterobacter aerogenes, Citrobacter diversus, Edwardsiella tarda, Morganella morganii, Shigella spp., Yersiniae spp.), Trueperella  pyogenes, Corynebacterium sp., Pseudomonas sp., Nocardia, Pasteurella sp., Mannheima hem. Actinobacillus sp., Bacillus sp., Paenibacillus larve Америчка куга пчелињег легла), Clostridium sp., Haemophilus sp., Campylobacter sp.

Одређивање антимикробне резистенције:

Методе:          диск дифузија

минимална инхибиторна концетрација

молекулран испитивања

Изолација и детерминација гљивица и квасница:

Candida sp., Malassezia pachydermatis, Aspergillus sp., Penicillium sp., Mucor sp., Alternaria sp, Rhizopus sp. Trychophiton sp, Microsporon sp.

Паразитолошка испитивања:

Ектопаразити – различите врсте

Ендопаразити –  трематоде, цестоде, нематоде, протозое

Методе које  се користе у PCR лабораторији

1 Изолација ДНК  (Стоол кит) Brachyspira hyodysenteriaeBrachyspira pilosicoli, Lawsonia intracellularis
2 Детекција методом мултиплекс PCR Brachyspira hyodysenteriaeBrachyspira pilosicoli, Lawsonia intracellularis
3 Изолација ДНК (Стоол Кит) E. acervulina, E. brunetti, E. maxima, E. mitis, E. necatrix, E. praecox, E. tenella
4 Детекција методом PCR E. acervulina, E. brunetti, E. maxima, E. mitis, E. necatrix, E. praecox, E. tenella
5 Изолација ДНК пчеле Nosema apis  i Nosema ceranae
6 Детекција методом PCR пчеле Nosema apis  i Nosema ceranae
7 Резистотипизција Ампицилин, Амоксицилин/ клавулонска киселина, Хлорамфеникол, Ципрофлоксацин, Гентамицин, Налидиксинска киселина, Стрептомицин, Сулфонамиди, Тетрациклин, Триметоприм/сулфаметоксазол, Триметоприм, Цефоподиксим, Цефотаксим, Цефтазидим
8 Утврђивање минималне инхибиторне концнтрације (МИЦ)

Микродилуционом  или агардилуционом методом

Ампицилин, Амоксицилин/ клавулонска киселина, Хлорамфеникол, Ципрофлоксацин, Гентамицин, Налидиксинска киселина, Стрептомицин, Сулфонамиди, Тетрациклин, Триметоприм/сулфаметоксазол, Триметоприм, Цефотаксим, Цефтазидим
9 Фентипско утврђивање присуства ЕСБЛ продукујућих бактерија методом резистотипизације  ЦЛСИ 2015 документ број М100-С25 Цефокиситин, Цефепиме, Меропенем
10 Утврђивање синергистичке реакције антибиотика са и без клавулаонске киселине (потврда ЕСБЛ перодукујућих бактерија) Цефотаксим, Цефтазидим са и без клавулеонске киселине
11 Утврђивање филогенетске припадности Е. coli  PCR методом (детекција коменсалних И патогених Е. coli) Escherichia  coli
12 Изолација ДНК за РАПД методу Qiagen kit za tkivo
13 Утврђивање генетичког диверзитета S. Entheritidis с методом  PCR методом Random amplified polymorphic DNA-RAPD metoda
14 Изолација ДНК методом кувања бактерија Метода кувања
15 Детекција гена који кодирају резистенцију на хлорамфеникол методом PCR Cat1, cat2, cat3, cmlA, floR
16 Детекција гена који кодирају резистенцију на триметоприм методом PCR drfA1, dfrA5/dfrA14, dfrA7/dfrA17, dfrA12, dfrB1/B2,
17 Детекција гена који кодирају резистенцију на стрептомицин методом PCR strA, strB , aadA1, aadA2
18 Детекција гена који кодирају резистенцију на сулфонамиде методом PCR sul1, sul2, sul3
19 Детекција гена који кодирају резистенцију на терациклине методом PCR tetA, tetB, tetC, tetD, tetE, tetG, tetH, tetM, tetO
20 Детекција гена који кодирају резистенцију на гентамицин методом PCR aac(3)-I, aac(3)-II, aac(3)-III, aac(3)-IV, ant(2)-I, armA
21 Детекција гена који кодирају резистенцију на ЕСБЛ методом PCR  

blaTEM, blaCTX-M, blaSHV, blaOXA-1, blaOXA-2, blaAmpC, blaCMY

22 Детекција гена који кодирају резистенцију на хинолоне која се преноси путем плазмида (ПМQР) qnrA, qnrB, qnrC, qnrD, qnrS, aac61-lbcr, qepA, oqxA, oqxB
23 PCR за умножавање QРДР код салмонелла (пре секвенцирања) gyrA, gyrB, parC, parE
24 PCR за умножавање QРДР код Е.coli (пре секвенцирања) gyrA, gyrB, parC, parE
25 PCR метода за утврђивање мобилних генетичких елементата интегрона  И ензима интеграза, детекција гена пре секвенцирања Int1, int2, 5’3’, Hep74/Hep51
26 Пречишћавање PCR продуката за секвенцирање Метода уз помоћ
27 Утврђивање улоге ефлукс пумпе у настанку резистенције на антибиотике методом МИЦ МИЦ са циљаним антибиотиком И МИЦ са циљним антибиотиком И ефлукс инхибитором (Phe-Arg-β-Naphtylamide (PAβN))
28 Утврђивање појаве коњугабилних плазмида код изолата бактерија Коњугација са реципијентом E. coli J53 (резистентан на Натријум  азид)
29 Изолација плазмида Метода по Бирнбоим/Долy, Алкална лиза
30 Поређење нуклотидних и протеинских секвенци БиоЕдит и Бласт програми

ЛАБОРАТОРИЈА ЗА АНТИМИКРОБНУ РЕЗИСТЕНЦИЈУ

У оквиру  Одељења за клиничку бактериологију, микологију и паразитологију формирана је посебну лабораторију које се бави испитивањем осетљивости бактерија на антибиотике. У овој лабораторији раде др. сци. вет. мед. Маја Велхнер и др. сци. вет. мед. Далибор Тодоровић. За сада се испитивања одвијају у оквиру научно истраживачког рада. Врше се испитивања минималне инхибиторне концентрације на антибиотике код Salmonella spp и Echerichia coli. Такође методом ланчане реакције полимеразе врши се детерминација гена који кодирај резистенцију на антибиотике и истражују механизми преношења резистенције преко коњугабилних плазмида или других мобилних генетичких елемената.

Утврђивање минималне инхибиторне концентрације на антибиотике врши се према препорукама Института за клиничка и лабораторијска стандарде САД  (CLSI) и Европске агенције за безбедност хране (ЕФСА). Метода се изводи  у микротитар плочама (CLSI MA07-A10) и за сада обухвата испитивање резистенције на антибиотике код Salmonella са фарми живине и ћурака и E. coli изолата из млека крава које су боловале од клиничког маститиса и свиња које су лечене антибиотицима као и изолата E. coli од дивљих животиња и птица. У истраживањима су такође испитиване салмонеле изоловане од људи и упоређиване са изолатима од живине методом електрофорезе у пулсном пољу. Успостављена је сарадња са Институтом за јавно здравље Србије и Институтом за јавно здравље Војводине, искључиво с циљем учешћа у заједничким истраживањима.

У кратким цртама на основу досадашњих истраживања може да се закључи следеће:

  1. Salmonella enterica серовар Infantis доминира на фармама живине као клон, а око 25% изолата је резистентно на флуорохинолоне (укључујући изолате од људи).

Резистенција на хинолоне  флорохнолоне настаје захваљујћи мутацијама на генима који кодирају топоизомеазе и захваљујући активности ефлукс пумпе (мутације на генима gyrA и парЦ које кодирају топоизомеразе су детерминисане методама ПЦР и секвенцирањем, а активност ефлукс пумпе је утврђена скрининг методом са антибиотицима и инхибитором ефлукс пумпе (PAβN).

  1. Salmonella enterica серовар Enteritidis и Salmonella enterica серовар Typhimurium (излати од живине) су углавном осетљиве на антибиотике.
  2. E. coli из млека крава које су боловале од маститиса и од свиња које су лечене антибиотицима је мултипло резистентна на антибиотике, а највише је заступљена резистенција на хинолоне.

Резистенција на хинолоне настаје захваљујући мутацијама на циљним генима који кодирају топоизомеразе и то на gyrA, parC и parE гену. Такође код ових изолата је нађена и плазмидски преносива резистенција односно детекован је методом ПЦР ген  qnrS (један изолат), а код два изолата је методом ПЦР и секвенцирањем детекован ген аац6’Иб-цр. Ген аац6’Иб-цр кодира резистенцију на флуорохинолоне и на неке аминогликозиде.

Два од укупно 22 изолата E. coli продукују ензиме проширеног спектра бета лактама, а одговорни ген је blaCTX-M1. Међутим реална заступљеност ESBL продукујућих бактерија треба да се испита на већем броју изолата E. coli на селективним мкробиолошким подлогама са антибиотиком.

Референце: 

  1. Velhner M., Kozoderović G., Grego E., Galić N., Stojanov I., Jelesić Z., Kehrenberg C.: Clonal Spread of Salmonella enterica Serovar Infantis in Serbia: Acquisition of Mutations in the Topoisomerase Genes gyrA and parC Leads to Increased Resistance to Fluoroquinolones. Zoonoses and Public Health, ISSN 1863-1959, 60, 8, 1-7, 2013 doi:10-1111/zph 12081, M21 8,0
  2. Kozoderović G., Velhner M., Jelesić Z., Golić N., Lozo J., Kehrenberg C.: Prevalence of quinolone resistance and mutations in the topoisomerase genes in Salmonella enterica serotype Enteritidis isolates from Serbia. International Journal of Antimicrobial Agents, ISSN 0924-8579, 40, str.455-457, 2012, M21 8,0
  3. Todorović D., Velhner M., Grego E., Vidanović D., Milanov D., Krnjaić D., Kehrenberg C.: Molecular characterization of multidrug-resistant Escherichia coli isolates from bovine clinical mastitis and oigs in the Vojovodina province Serbia. Microbial Drug Resistance, doi: 10.1089/mdr.2017.0016
  4. Velhner M: Mechanisms of resistance to quinolones and epidemiological significance of Salmonella Acta Veterinaria, 66:147-159, 2016.
  5. Kureljušić JM, Dmitirić MP, Vidanović DS, Teodorović VB, Kureljušić BI, Velhner MJ, Karabasil NR: Prevalence of Salmonella enteric in slaughter pigs in Serbia: Serotyping, PFGE-genotyping and antimicrobial resistance. The journal of Infection in Developing Countries, 11:640-645, 2017.
  6. Milanov D., Ljubojević D., Čabarkapa I., Karabasil N, Velhner M: Biofilm as risk factor for Salmonella contamination in various stages of poultry production. European Poultry Science, DOI: 10.1399/eps.2017.190
  7. Milanov D., Ljubojević D., Čabarkapa I., Karabasil N, Velhner M: Biofilm as risk factor for Salmonella contamination in various stages of poultry production. European Poultry Science, DOI: 10.1399/eps.2017.190
  8. Kozoderović G., Velhner M., Jelesić Z., Stojanov I., Petrović T., Stojanović D., Golić N.: Molecular typing and antimicrobial resistance of Salmonella Enteritidis isolated from poultry, food, and humans in Serbia. Folia Microbiologica, ISSN 0015-5632, 56, 3, Str.66-71, 2011, M23 3,0
  9. Velhner M., Stojanović D.: Mutational Polymorphism in the Bacterial Topoisomerase Genes Driven by Treatment with Quinolones. Point Mutation, Edited by Colin Logie, Rijeka, Intech, 2012, Str.185-210, ISBN 979-953-307-447-3, M14 4,0
  10. Velhner M., Potkonjak D., Stojanović D., Mitevski D., Stojanov I., Petrović J.: Rezistencija salmonela na antibakterijske lekove i mere kontrole u živinarskoj proizvodnji. Veterinarski glasnik, ISSN 0350-2457, 67, 1-2, str.87-96, 2013, M51 2,0
  11. Velhner M., Kozederović G., Kovačević M., Suvajdžić L., Košarčić S., Petrović J., Stojanović D.: Resistance to beta lactam antibiotics in gram-negative microorganisms, a brief review. Savremena poljoprivreda, ISSN 0350-1205, 62, 3-4, str., 2013, M51 2,0
  12. Kozoderović G., Jelesić Z., Velhner M.: Resistance to quinolones among Salmonella enteretidis isolates in Vojvodina. Microbiologia Balkanica 2009, Book of abstracts and Programme, 6th Balkan Congress of Microbiology, Ohrid, 28-31.Oktober, Makedonija, Skopje, Macedonian Medical Association, 2009, Str.120, M34 0,5
  13. Velhner M., Suvajdžić Lj., Petrović J., Šeperanda M.: Antimicrobial resistance of Escherichia coli in wild animals. Arhiv veterinarske medicine, 5: 35-44, 2012, M52 1,5
  14. Velhner M., Potkonjak D., Stojanović I., Stojanović D., Petrović J., Kozoderović G.: Salmonella control in poultry production and resistance monitoring in Serbia. Arhiv veterinarske medicine, 4: 11-22, 2011, M52 1,5.

На Одељењу раде и …..

Марија Дукић

Марија Дукић

Технички сарадник

телефон: 021/4895 347

моб: 064/ 818 54 51

This post is also available in: енглески

© Copyright - НАУЧНИ ИНСТИТУТ ЗА ВЕТЕРИНАРСТВО "НОВИ САД" 2018 - Enfold Theme by Kriesi