Систем управљања квалитетом и акредитацију Завода за лабораторијска испитивања према захтевима међународних стандарда Институт је успоставио и сертификовао 1998. године у циљу демострирања сопствене способности да задовољи захтеве и очекивања корисника својих услуга и свих других заинтересованих страна, да докаже своју опредељености за квалитет, као и да омогући оцењивање своје опредељености и способности од интерних и екстерних страна.

У настојању да стално унапређује систем управљања квалитетом, а пратећи промене у области међународних стандарда из ове области, руководство Института се определило да у 2001. години изврши усаглашавање свог система квалитета према процесном моделу и акредитује Завода за лабораторијска испитивања са новим захтевима међународних стандарда JUS ISO 9001:2001 и JUS ISO/IEC 17025:2001. Сертификација система управљања квалитетом је извршена 17. маја 2002. године, а акредитација Завода за лабораторијска испитивања 18. децембра 2003. године

За остварене резултате за унапређење система управљања квалитета, Институт је у децембру 2003. године добио међународно признање "Круна квалитета у златној категорији" на 15. међународној конвенцији у Лондону.

Данас Институт са успехом примењује и одржава систем менаџмента квалитетом према процесном моделу и захтевима међународних стандарда JUS ISO9001:2001 и JUS ISO/IEC 17025:2001.

Дана 26.06.2009. године лабораторије Завода за лабораторијска испитивања, Научног института за ветеринарство су обновиле своју акредитацију са измењеним обимом акредитације према захтевима стандарда SRPS ISO/IEC 17025:2006.
Дана 13.07.2009. године обновљен је надзорни аудит Научног института за ветеринарство и продужен сертификат.